Los trasgénicos pueden ser muy peligrosos y no se ha experimentado la evolución junto con su medio o ecosistema y por lo tanto no se sabe cuál será su reacción en este. Existe el riesgo de que se produzca una contaminación genética al pasar un nuevo gen en una planta a través de toda una cadena alimenticia. Este proceso es irreversible. No hay estudios suficientes de los efectos en la salud que puede tener a largo plazo el consumo de las plantas. Las ventajas pueden ser: menores costos en mercancías y alimentos, flexibilidad de producción, menores riesgos de transmisión de organismos patógenos, facilidad de almacenamiento y trasporte de fármacos, mejor distribución de alimentos, etc.
Mientras que los riesgos que implican son fuertes e incluyen el riesgo de que las cadenas alimenticias sufran daños (que evidentemente son irreversibles), cambios inesperados y bruscos en el medio ambiente, efectos en la salud del ser humano, contaminación, etc. Es muy importante mencionar, ya que casi siempre se olvida, que también produce cambios fuertes en toda una cosmovisión y cultura humana que se ha construido en las sociedades alrededor del mundo, por ejemplo, en México es muy fuerte lo que generan cuando se habla de maíz y todo esto al seguir un modelo económico que persigue la producción industrial.
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